요양병원이나 종합병원을 개인 사업자가 아니라 법인 형태로 운영하려면 의료법인 설립 절차를 먼저 밟아야 한다. 의료법인은 의료법 제48조에 근거한 비영리 법인이라 개인의원 개설신고와는 성격이 완전히 다르고, 시도지사 인가와 재산출연이라는 두 개의 큰 관문을 통과해야 한다. 현장에서 12년 넘게 개원을 도우면서 보면, 의료법인 설립 절차를 정확히 이해하지 못한 채 부동산부터 계약해 인가가 반려되는 사례가 매년 나온다. 이 글은 인가 신청부터 설립등기, 개설신고까지 순서 그대로 정리한다.
의료법인은 의료법 제33조 제2항에 따라 병원급 이상 의료기관을 개설할 수 있는 비영리 법인이며, 시도지사 설립인가를 받아야 성립한다.
재산출연은 기본재산과 보통재산으로 나뉘고, 기본재산은 시도지사 허가 없이 처분할 수 없어 사실상 법인에 귀속된다.
인가 후 3주 이내 설립등기를 마치고, 법인 명의로 의료기관 개설신고까지 끝나야 실제 진료를 시작할 수 있다.
의료법인 설립 인가의 요건과 신청 서류
의료법인 설립 절차의 출발점은 병원이 들어설 시도의 인가 기준을 확인하는 일이다. 의료법인은 각 시도 조례로 최소 출연재산 규모를 정해두는데, 서울과 경기 등 수도권은 기본재산 요건을 상대적으로 높게 잡고, 지방은 병상 확충을 위해 완화하는 경향이 있다. 예를 들어 30병상 요양병원을 세우려면 부지와 건물, 의료장비를 합쳐 수십억 원 규모의 재산을 출연해야 하고, 이 재산이 채무 없이 온전히 법인 소유로 넘어갈 수 있어야 한다.
인가 신청 서류는 설립취지서, 정관, 재산출연증서와 재산목록, 재산의 소유를 증명하는 등기부등본, 사업계획서와 수지예산서, 설립발기인 및 임원 명단, 임원 취임승낙서가 기본이다. 여기에 부동산 감정평가서를 요구하는 시도가 많다. 감정평가액이 출연재산의 가치를 그대로 반영하기 때문에, 감정 시점과 실제 취득가가 벌어지면 재산 요건 충족 여부가 흔들린다.

시도에 따라 사전 상담을 거쳐 서류를 접수받고, 담당 부서가 재산과 사업계획을 심사한 뒤 인가 여부를 통보한다. 심사 기간은 보통 접수 후 두세 달을 잡지만, 서류 보완 요청이 반복되면 반년을 넘기기도 한다. 그래서 첫 접수 때 서류의 완성도를 최대한 끌어올리는 편이 결과적으로 시간을 아낀다.
재산 출연 기본재산과 보통재산의 구분
의료법인 설립 절차에서 가장 오해가 많은 대목이 재산 출연이다. 출연재산은 기본재산과 보통재산으로 나뉜다. 기본재산은 병원 부지와 건물처럼 법인의 존립 기반이 되는 재산으로, 정관에 목록을 명시하고 처분하거나 담보로 제공할 때 반드시 시도지사 허가를 받아야 한다. 보통재산은 운영 과정에서 발생하는 현금성 자산으로 비교적 자유롭게 쓸 수 있다.
일단 기본재산으로 출연한 부동산은 개인이 마음대로 되찾을 수 없다. 출연은 증여와 같아서 소유권이 법인으로 넘어가며, 나중에 병원을 접더라도 잔여재산은 정관에 정한 국가나 지자체, 유사 목적 법인으로 귀속된다. 개인 재산을 회수할 목적이라면 출연 구조 자체를 다시 설계해야 한다.
출연재산에 근저당이나 임대차 같은 부담이 걸려 있으면 인가가 나지 않는다. 은행 대출이 남은 건물을 기본재산으로 넣으려면 대출을 상환하거나 채권자 동의를 받아 부담을 정리해야 한다. 또 출연자가 부동산을 법인에 넘길 때 취득세와 등록면허세가 발생하는데, 비영리 의료법인은 지방세특례제한법에 따라 일부 감면을 받을 수 있으므로 관할 세무 부서에 미리 확인하는 편이 좋다.
정관과 임원 구성 그리고 설립 등기
정관은 법인의 헌법에 해당한다. 목적, 명칭, 사무소 소재지, 자산과 회계, 임원의 정수와 임기, 이사회 운영, 잔여재산 귀속을 담아야 하며 시도의 표준정관을 기준으로 작성한다. 임원은 이사와 감사로 구성하는데, 의료법인은 이사 5명 이상과 감사 2명 이상을 두는 것이 일반적 기준이다. 특정 친족이 이사 정수의 일정 비율을 넘지 못하도록 제한하는 조항도 살펴야 한다.
설립발기인이 창립총회를 열어 정관을 의결하고 임원을 선임한다. 회의록은 인가 서류에 첨부된다.
서류 심사를 통과하면 설립인가서가 교부된다. 이 시점에 비로소 법인 설립이 법적으로 허용된다.
인가서를 받은 날부터 3주 이내에 주된 사무소 소재지 관할 등기소에 설립등기를 해야 법인이 성립한다.
설립등기가 끝나면 법인 등기부등본이 발급되고, 이 등본으로 법인 명의 사업자등록과 통장 개설이 가능해진다. 출연한 부동산의 소유권 이전등기도 이때 법인 명의로 마무리한다. 등기를 미루면 인가의 효력이 흔들릴 수 있으니 기한을 반드시 지켜야 한다.
설립 등기 후 의료기관 개설신고 마무리
법인이 성립했다고 바로 진료를 볼 수는 없다. 의료법인 설립 절차의 마지막 단계는 법인 명의로 하는 의료기관 개설신고 또는 개설허가다. 병원급 이상은 시도지사 개설허가 대상이고, 요양병원 역시 허가를 받아야 한다. 이 단계에서 시설 기준, 인력 기준, 의료장비 요건을 실제로 갖췄는지 현장 확인을 거친다.
진료 개시일을 정한 다음 개설허가, 설립등기, 인가, 서류 준비를 거꾸로 계산해 일정을 잡는 편이 안전하다. 인가와 실사에서 예상치 못한 보완 요청이 나오면 오픈이 통째로 밀리기 때문이다. 개설허가가 나야 국민건강보험 요양기관 지정을 받아 급여 청구가 가능해진다는 점도 기억해야 한다.
자주 묻는 질문
서류 접수 후 심사에 보통 두세 달이 걸립니다. 재산 증빙이나 사업계획 보완 요청이 반복되면 반년 이상 늘어나기도 하므로 첫 접수 때 서류 완성도를 높이는 것이 시간을 아끼는 길입니다.
출연은 법인에 대한 증여와 같아 소유권이 법인으로 넘어갑니다. 개인이 임의로 회수할 수 없고, 처분하려면 시도지사 허가가 필요하며 해산 시 잔여재산은 정관에 정한 국가나 유사 목적 법인으로 귀속됩니다.
아닙니다. 설립등기로 법인이 성립한 뒤에도 법인 명의로 의료기관 개설허가를 받고 시설과 인력에 대한 현장 실사를 통과해야 합니다. 이후 요양기관 지정까지 마쳐야 급여 진료가 가능합니다.
재산 출연 구조와 인가 서류, 개설허가까지 순서가 얽혀 반려되기 쉽습니다. 거림의료컨설팅이 시도별 기준에 맞춰 처음부터 끝까지 함께합니다.
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