“재단을 세우고 싶은데, 의료법인이랑 뭐가 다른 거죠?” 부산·경남에서 상담을 받다 보면 가장 자주 듣는 질문입니다. 결론부터 말하면, 둘은 형제 관계입니다. 둘 다 비영리이고, 둘 다 민법상 재단법인에서 출발합니다. 다만 누가 허가하느냐, 무엇을 할 수 있느냐가 갈립니다.
의료법인은 의료법 제48조에 근거해 시·도지사 허가로 세우는 법인으로, 의료기관 개설·경영이 핵심 목적입니다. 의료재단(재단법인)은 민법 제32조에 근거한 비영리 재단법인으로, 의료·복지·연구 등 폭넓은 공익사업이 가능하며 주무관청(복지부 또는 시·도)의 허가를 받습니다. 두 형태 모두 출연재산은 돌려받을 수 없고, 해산 시 잔여재산은 국가나 유사 비영리법인에 귀속됩니다.
왜 ‘재단’을 고민하게 되는가
개인 명의로 병원을 하다 보면 한계가 옵니다. 양도·승계가 어렵고, 출연한 자산이 모두 개인 상속재산이 되며, 공익 목적의 외부 출연을 받기도 까다롭습니다. 그래서 법인화를 검토하게 되죠.
그런데 법인이라고 다 같은 법인이 아닙니다. 형태를 잘못 고르면 하고 싶은 사업을 못 하거나, 세제 혜택을 못 받거나, 매년 감사·공시 부담에 짓눌립니다. 먼저 네 가지 형태를 한눈에 비교해 봅니다.
| 구분 | 개인(개인병원) | 의료법인 | 재단법인(의료재단) | 사단법인 |
|---|---|---|---|---|
| 설립 근거 | 없음(사업자등록) | 의료법 제48조 | 민법 제32조 | 민법 제32조 |
| 본질 | 자연인 | 재단법인의 일종(의료법 외 민법 재단법인 규정 준용) | 재산의 결합체 | 사람의 결합체 |
| 구성 요소 | 개인 | 출연재산 + 이사회 | 출연재산 + 이사회 | 2인 이상 사원(총회) |
| 의사결정 | 본인 단독 | 이사회 | 이사회 | 사원총회 + 이사회 |
| 허가기관 | 관할 보건소(신고) | 시·도지사 | 주무관청(복지부·시·도) | 주무관청 |
| 세제 | 종합소득세 | 법인세(수익사업), 공익법인 혜택 | 법인세(수익사업), 공익법인 혜택 | 법인세(수익사업) |
| 해산 시 재산 | 상속 | 국가·유사 비영리법인 귀속 | 국가·유사 비영리법인 귀속 | 정관·총회 결의(유사 목적) |
| 감독 | 약함 | 강함(설립·정관변경 허가) | 강함 | 강함 |
개인은 ‘내 것’, 사단은 ‘사람들의 모임’, 재단은 ‘돈(재산)에 목적을 새긴 것’입니다. 의료법인은 그 재단을 의료업에 특화한 형태라고 보면 가장 정확합니다.
의료법인 vs 의료재단, 정확히 무엇이 다른가
가장 오해가 많은 지점입니다. 의료법인은 의료법에 따로 규정된 사항 외에는 ‘민법 중 재단법인에 관한 규정을 준용’합니다(의료법 제50조). 즉 의료법인 자체가 재단법인의 한 종류입니다. 그렇다면 차이는 어디서 날까요. 목적과 허가기관, 그리고 할 수 있는 사업의 폭에서 갈립니다.
목적이 의료업으로 좁게 특정됩니다. 의료기관 개설·경영이 본업이고, 부대사업은 의료법 제49조에서 정한 범위(의료인 양성, 종사자 편의시설 등)로 한정됩니다.
허가는 주된 사무소 소재지 관할 시·도지사가 합니다. 시설·자금 보유 요건이 까다롭고, 설립 후에도 부동산 처분·정관변경에 허가가 필요합니다.
민법상 비영리 재단법인으로, 정관에 정한 공익 목적(의료지원·연구·장학·복지 등)이라면 폭이 넓습니다. 직접 병원을 여는 비영리법인도 의료기관 개설 주체가 될 수 있습니다.
허가기관은 사업 성격에 따른 주무관청(보건복지부 또는 시·도)입니다. 의료업 직접 영위보다 ‘공익적 의료·연구 지원’에 무게를 둘 때 적합합니다.
“내가 직접 병원을 운영하겠다” → 의료법인. “병원 운영보다 의료 연구·소외계층 지원 같은 공익사업을 하고, 필요하면 의료기관도 개설하겠다” → 재단법인. 거림에서는 출연자의 5년·10년 그림을 먼저 듣고 형태를 권합니다.
재단 설립 요건 — 무엇을 갖춰야 하나
재단법인의 본질은 ‘출연재산’입니다. 사람(사원)이 없어도 되지만, 목적을 실현할 재산이 반드시 있어야 합니다.
| 요건 | 내용 | 근거 |
|---|---|---|
| 출연재산 | 법령에 일률적 최저액 규정은 없음. 주무관청이 목적사업의 지속 가능성을 기준으로 심사(통상 사업 규모에 상응하는 기본재산 확보 요구) | 민법 제43조, 주무관청 심사 |
| 정관 필수기재 | 목적, 명칭, 사무소 소재지, 자산에 관한 규정, 이사의 임면에 관한 규정 | 민법 제43조·제40조 |
| 이사 | 법인의 사무를 집행하는 필수 기관(임원 정수는 정관·주무관청 지침에 따름) | 민법 제57조 |
| 감사 | 임의기관이나 공익법인·의료법인은 사실상 필수(통상 정관에 둠) | 민법 제66조 |
| 주무관청 | 목적사업을 관장하는 행정관청(의료·복지=복지부 또는 시·도) | 민법 제32조 |
출연재산 규모에 ‘딱 얼마’라는 법정 금액은 없습니다. 다만 현실에서는 주무관청이 목적사업을 안정적으로 굴릴 수 있는지를 봅니다. 운영비를 이자·임대수익 등으로 충당할 수 있는 수준의 기본재산을 요구하는 경우가 많습니다(2025년 기준, 관청·사업별 편차 큼).
출연재산은 한 번 넣으면 내 마음대로 빼낼 수 없습니다. 기본재산은 처분·담보 제공 시 주무관청 허가가 필요하고, 해산하면 국가나 유사 비영리법인으로 귀속됩니다(민법 제80조). “돌려받을 돈”이 아니라 “목적에 바친 돈”이라는 점을 반드시 인지하셔야 합니다.
설립 절차 — 6단계 로드맵
설립취지서·사업계획·자금조달 계획을 정리하고, 출연할 재산과 임원 후보를 확정합니다. 이 단계의 설계가 전체 인허가 통과율을 좌우합니다.
민법 제43조의 필수기재사항을 담은 정관을 작성하고, 기본재산 목록과 출연(기부)을 확정합니다. 재산목록·기부신청서·임원취임승낙서를 갖춥니다.
정관, 설립취지서, 재산목록, 사업계획서, 임원명단 등을 첨부해 주무관청(의료법인은 시·도지사)에 허가를 신청합니다. 공공성·지역 의료수요·재정 타당성을 심사받습니다.
설립허가가 있은 날부터 3주 이내에 주된 사무소 소재지 관할 법원(등기소)에 설립등기를 해야 합니다(민법 제49조 제1항). 이 등기로 법인이 비로소 ‘성립’합니다.
설립등기 완료로 법인격 취득. 이후 관할 세무서에 법인설립신고·사업자등록을 하고, 출연재산 등기 이전을 마칩니다.
법인 명의로 관할 시·도(병원급)에 개설허가를 받아 진료를 시작합니다. 시설·인력 기준 충족이 전제입니다.
비영리·공익성 의무와 운영 제약
혜택만 있는 게 아닙니다. 비영리법인은 ‘영리를 추구하지 않는다’는 원칙을 평생 지고 갑니다. 의료법인의 부대사업조차 의료법 시행령 제20조가 영리 추구를 금지합니다.
출연자나 임원에게 이익을 배당할 수 없습니다. 수익이 나도 목적사업에 다시 써야 합니다. 개인병원처럼 “남은 돈은 내 돈”이 성립하지 않습니다. 보수는 정관·이사회가 정한 정당한 범위에서만 가능합니다.
수익사업을 한다면 회계를 나눠야 합니다. 비영리법인이 수익사업을 하는 경우, 자산·부채·손익을 수익사업분과 그 밖의 사업분으로 구분하여 기록해야 합니다(법인세법상 구분경리). 섞어 기록하면 세무상 불이익이 큽니다.
법인을 접더라도 남은 재산은 출연자에게 돌아가지 않습니다. 정관에 정한 귀속권리자가 없으면 주무관청 허가를 받아 유사한 목적의 비영리법인에 처분하거나, 그것도 안 되면 국고로 귀속됩니다(민법 제80조). 설립 전에 이 점을 가족과 충분히 합의하셔야 합니다.
세제 혜택 — 무엇이 면제되는가
비영리·공익성의 부담을 상쇄하는 것이 세제입니다. 핵심은 ‘출연 단계’와 ‘운영 단계’ 두 군데서 혜택이 나온다는 점입니다.
| 세목 | 혜택 | 요건·근거 |
|---|---|---|
| 상속세 | 공익법인 등에 출연한 재산은 상속세 과세가액에 불산입 | 상증세법 제16조(상속세 신고기한 내 출연 등 요건) |
| 증여세 | 공익법인 등이 출연받은 재산은 증여세 과세가액에 불산입 | 상증세법 제48조(목적 외 사용 시 추징 가능) |
| 법인세 | 고유목적사업 소득은 과세 제외, 수익사업 소득만 과세(고유목적사업준비금 손금산입 가능) | 법인세법 |
| 지방세 | 고유목적 직접 사용 부동산 등 취득세·재산세 감면(지자체 조례별 상이) | 지방세특례제한법 |
개인이 수십억 자산을 자녀에게 넘기면 최고 50% 세율의 상속·증여세가 붙습니다. 같은 재산을 공익법인에 출연하면 과세가액에서 빠집니다. 단, 목적 외 사용·요건 위반 시 추징되므로 ‘절세’가 아니라 ‘공익 출연’의 결과로 이해해야 합니다.
총자산 5억 원 이상 또는 수입금액+출연재산 합계 3억 원 이상인 공익법인은 사업연도 종료 후 4개월 내 결산서류를 국세청 홈페이지에 공시해야 합니다. 외부 회계감사·전용계좌 의무도 규모에 따라 적용됩니다.
설립 전 체크리스트
자주 묻는 질문
본질은 둘 다 재단법인입니다. 의료법인은 의료법에 따로 정한 것 외에는 민법의 재단법인 규정을 준용하기 때문입니다. 다만 의료법인은 목적이 의료업으로 특정되고 시·도지사가 허가하는 반면, 일반 의료재단(재단법인)은 공익 목적의 폭이 넓고 주무관청이 허가합니다. 직접 병원을 운영할지, 공익적 의료·연구를 지원할지에 따라 선택이 갈립니다.
법령에 정해진 최저 금액은 없습니다. 주무관청이 목적사업을 안정적으로 지속할 수 있는지를 기준으로 심사하므로, 사업 규모와 운영비를 감당할 수준의 기본재산이 사실상 요구됩니다. 사업·관청별 편차가 크므로 신청 전 관할 관청 기준을 확인하는 것이 안전합니다(2025년 기준).
원칙적으로 불가능합니다. 출연재산, 특히 기본재산은 법인의 목적에 귀속되며 처분에도 주무관청 허가가 필요합니다. 법인을 해산하더라도 잔여재산은 출연자가 아니라 국가나 유사 목적의 비영리법인으로 귀속됩니다(민법 제80조). ‘돌려받을 돈’이 아니라 ‘목적에 바친 돈’으로 보셔야 합니다.
권하지 않습니다. 상속·증여세 과세가액 불산입은 강력한 혜택이지만, 목적 외 사용·요건 위반 시 추징되고 매년 공시·구분회계·감사 의무가 따릅니다. 절세 도구가 아니라 공익 활동의 결과로 접근해야 분쟁과 추징을 피할 수 있습니다. 설립 단계에서 전문가 검토가 필요한 이유입니다.
의료법인이 맞는지, 재단법인이 맞는지 — 출연자의 5년·10년 그림에 따라 답이 달라집니다. 거림의료컨설팅이 부산·경남 현장 경험으로 형태 선택부터 정관·허가·등기까지 함께합니다.
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